Monocultura este o formă de agricultură în care o singură cultură este cultivată pe o suprafață mai mare. Deoarece beneficiile agriculturii mecanizate sunt mai mari pe terenuri mai mari, au fost create tarlale uriașe, uneori mai mari de 50 de hectare. Cultivarea pe scară largă a transformat peisajul mozaicat și divers, care adăpostea numeroase specii, într-un „deșert cultivat” monoton, fără valoare ecologică și estetică, în care fostele biocenoze diverse au fost înlocuite aproape exclusiv cu o singură specie.

Pe măsură ce tot mai multe terenuri sunt cultivate intensiv pentru a satisface cererile tot mai mari de consum, speciile care alcătuiesc comunitățile naturale își pierd habitatele. Răspândirea agriculturii industriale provoacă o scădere drastică a populațiilor de păsări și mamifere, precum și a speciilor de amfibieni și reptile și a diferitelor grupuri de artropode.

Aratul regulat provoacă degradarea solului pe termen lung. Eroziunea provoacă pagube semnificative pe terenurile tulburate fără acoperire vegetală. De asemenea, aratul afectează în mod negativ circuitul apei din pământ și are un efect dăunător asupra organismelor din sol, crescând în același timp cantitatea de dioxid de carbon eliberată din sol.

Îngrășămintele pot duce la creșteri semnificative ale randamentului pe termen scurt, dar utilizarea lor prelungită și excesivă are un impact negativ asupra structurii solului și asupra valorificării nutrienților. Îngrășămintele care nu sunt absorbite de plante sunt o sursă majoră de poluare a apelor subterane și a apelor de suprafață. Excesul de nutrienți din lacuri și râuri determină creșterea excesivă a unor alge, ceea ce duce la deficit de oxigen sau la eliberarea de substanțe toxice.

Substanțele chimice utilizate în protecția culturilor reduc și mai mult biodiversitatea, deoarece acestea nu otrăvesc doar un anumit dăunător, ci, în multe cazuri, și specii protejate sau utile pentru agricultură. De exemplu, utilizarea pe scară largă a insecticidelor a dus la un declin critic al numărului de polenizatori în întreaga Europă. În Germania, de exemplu, biomasa de insecte din rezervațiile naturale a scăzut cu 76% în ultimele decenii. Dar aceste substanțe toxice își exercită efectele negative și la un nivel superior al lanțului alimentar. Agricultura intensivă afectează și populațiile de păsări, mamifere, reptile și amfibieni.